Karakterisering van de genetische structuur van T. tabaci populaties

i.f.v. regio en gewas met behulp van Genotyping-by-Sequencing (GBS) op gepoolde stalen

We onderzochten de genetische structuur van T. tabaci populaties in Vlaanderen via Genotyping-by-Sequencing (GBS) op gepoolde stalen, een techniek die bepaalde regio’s van het genoom bekijkt. Hierbij werden populaties uit veldstudies en gekweekte populaties gebruikt. DNA werd geëxtraheerd uit groepen van 40 insecten per staal, wat een beeld geeft van de genetische samenstelling van de populatie. Het geëxtraheerde DNA werd beschouwd als een weerspiegeling van de genetische samenstelling van de veldpopulatie. Per veld werden indien mogelijk drie onafhankelijke biologische insectenpools gemaakt (3 biologische herhalingen). We gebruikten twee combinaties van restrictie-enzymen (EcoRI-MseI en EcoRI-MspI) om genoomfragmenten te knippen en te analyseren. Omdat er geen referentiegenoom van T. tabaci beschikbaar was, maakten we een genoomassembly als basis voor verdere analyses. Na het aflijnen van de restrictiefragmenten (ook wel loci genoemd) en de identificatie van de single nucleotide polymorphisms (SNPs) werden vervolgens allelfrequenties bepaald, en werd eveneens aan- en afwezigheid van de verschillende loci tussen de veldpopulaties vergeleken.

We analyseerden 119 stalen, waarvan 31 uit culturen en 88 uit veldpopulaties, inclusief biologische herhalingen (meestal 3 per veld). Het aantal bemonsterde velden was beperkt, waardoor de resultaten als preliminair moeten worden beschouwd.

Vergelijking van allelfrequenties toonde aan dat er in Vlaanderen aanzienlijke genetische variatie is tussen T. tabaci-populaties, zonder duidelijke koppeling aan geografische oorsprong. Dit wijst op genetische uitwisseling over heel de regio. Er zijn indicaties voor een dominante populatie op meerdere waardplanten en een specifieke groep met voorkeur voor venkel. Sommige velden bevatten vermoedelijk mengpopulaties. Om definitieve conclusies te trekken, is uitgebreider onderzoek nodig.